As NUT II do território português assumem uma elegibilidade geográfica diferenciada, consoante o Objectivo em que se enquadram:
- Objectivo Convergência – Norte, Centro, Alentejo e Açores;
- Phasing-out – Algarve;
- Phasing-in – Madeira;
- Objectivo Competitividade Regional e Emprego – Lisboa;
- Objectivo da Cooperação Territorial – todas as NUT consoante os programas.